MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF Limb_E11.5_H3K9me3_53_133_0.508_0.0001908691 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.311266 0.163186 0.432514 0.093033 0.013838 0.955623 0.011043 0.019497 0.89555 0.060266 0.034334 0.00985 0.024648 0.120481 0.518982 0.33589 0.02904 0.133937 0.7954 0.041623 0.119759 0.046584 0.82189 0.011766 0.123009 0.768003 0.018223 0.090765 0.911636 0.024175 0.028207 0.035982 0.044749 0.028341 0.898877 0.028033 0.047257 0.051261 0.866714 0.034768 0.18119 0.209333 0.085728 0.52375 MOTIF Liver_P0_H3K9me3_46_49_0.522_6.454027e-25 letter-probability matrix: alength= 4 w= 13 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.076766 0.849849 0.059201 0.014185 0.111955 0.023375 0.016988 0.847682 0.012149 0.032608 0.910685 0.044557 0.016517 0.932034 0.027508 0.023942 0.009452 0.815422 0.002143 0.172982 0.812408 0.050488 0.075826 0.061278 0.038533 0.054413 0.029235 0.877819 0.036815 0.010825 0.899594 0.052766 0.062611 0.69153 0.14039 0.105469 0.131605 0.062501 0.013724 0.79217 0.082872 0.513588 0.201035 0.202506 0.162642 0.590431 0.012258 0.23467 0.15561 0.280563 0.0 0.563827 MOTIF Cranio-Facial_E12.5_H3K9me3_108_36_0.502_6.746076e-10 letter-probability matrix: alength= 4 w= 13 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.016254 0.933979 0.045787 0.003979 0.196959 0.049398 0.01721 0.736433 0.031611 0.049322 0.86605 0.053017 0.069317 0.904484 0.009351 0.016848 0.02107 0.945358 0.020064 0.013508 0.840424 0.108808 0.011099 0.039669 0.018585 0.096288 0.08935 0.795777 0.035343 0.067667 0.865361 0.03163 0.084409 0.622636 0.07101 0.221945 0.235125 0.062013 0.219685 0.483176 0.031759 0.335113 0.269821 0.363307 0.022396 0.528383 0.431661 0.01756 0.138827 0.483233 0.0 0.37794 MOTIF Forebrain_E11.5_H3K9me3_59_118_0.515_0.0009094108 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.088273 0.830747 0.071031 0.009949 0.10205 0.048883 0.050313 0.798754 0.097356 0.025425 0.829185 0.048034 0.071488 0.854153 0.044794 0.029565 0.021279 0.932461 0.025624 0.020636 0.837564 0.107793 0.009116 0.045527 0.00733 0.023917 0.084016 0.884737 0.058421 0.042098 0.867257 0.032224 0.110575 0.494367 0.169065 0.225992 0.182764 0.04435 0.467407 0.30548 MOTIF Heart_E11.5_H3K9me3_50_28_0.521_9.41059e-13 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.030311 0.924654 0.03539 0.009645 0.151834 0.066491 0.061177 0.720497 0.043673 0.046204 0.8561 0.054023 0.025496 0.912976 0.04538 0.016148 0.016765 0.923005 0.007862 0.052369 0.749501 0.144652 0.045221 0.060626 0.054141 0.063198 0.025231 0.857429 0.044925 0.023391 0.9041 0.027584 0.099234 0.5366 0.230896 0.133269 0.297401 0.068144 0.399774 0.234682 MOTIF Hindbrain_E12.5_H3K9me3_100_61_0.512_2.881425e-17 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.117827 0.835745 0.046428 0.0 0.039155 0.009882 0.009155 0.941809 0.028766 0.035339 0.928247 0.007648 0.012512 0.966913 0.001947 0.018629 0.047471 0.75973 0.004078 0.188721 0.688954 0.221016 0.078191 0.01184 0.013752 0.0429 0.013005 0.930343 0.041312 0.030387 0.895409 0.032892 0.047736 0.731688 0.046429 0.174147 MOTIF Cranio-Facial_E13.5_H3K9me3_82_48_0.513_7.13505e-22 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.092164 0.876793 0.025382 0.005661 0.039924 0.042189 0.009119 0.908768 0.031413 0.04082 0.884483 0.043284 0.015701 0.955522 0.023882 0.004895 0.019923 0.86495 0.009904 0.105222 0.644969 0.227921 0.05366 0.07345 0.039553 0.087921 0.069365 0.803161 0.049849 0.009565 0.906226 0.034359 0.141269 0.573457 0.143247 0.142027 0.067617 0.093592 0.303558 0.535232 MOTIF Forebrain_E13.5_H3K9me3_92_45_0.513_7.041999e-24 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.051375 0.873847 0.032962 0.041815 0.012779 0.053893 0.020654 0.912674 0.05969 0.042052 0.836933 0.061325 0.033459 0.919174 0.042369 0.004999 0.009913 0.874345 0.00415 0.111591 0.682578 0.193793 0.053879 0.06975 0.021456 0.03782 0.073478 0.867246 0.020699 0.084468 0.84512 0.049713 0.136851 0.661537 0.089015 0.112597 0.093422 0.093107 0.202552 0.610919 MOTIF Heart_E14.5_H3K9me3_64_41_0.521_1.287291e-39 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.056452 0.892971 0.046422 0.004155 0.139311 0.043362 0.008636 0.808691 0.081862 0.042732 0.818503 0.056903 0.030709 0.923776 0.041089 0.004426 0.016551 0.83827 0.002564 0.142615 0.827115 0.102136 0.050851 0.019897 0.027138 0.033329 0.032487 0.907046 0.018643 0.01749 0.92561 0.038257 0.144254 0.602604 0.17516 0.077982 0.127755 0.069104 0.189965 0.613176 MOTIF Liver_E13.5_H3K9me3_44_23_0.512_3.833172e-17 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.057425 0.862926 0.073764 0.005884 0.078516 0.084691 0.018467 0.818326 0.041568 0.056958 0.878797 0.022677 0.015483 0.966638 0.014567 0.003312 0.000229 0.820607 0.006836 0.172328 0.730178 0.087628 0.114289 0.067904 0.013305 0.06271 0.064929 0.859056 0.009091 0.017111 0.928684 0.045115 0.115326 0.508783 0.216472 0.159419 0.097357 0.084901 0.215302 0.602439 MOTIF Midbrain_E13.5_H3K9me3_104_87_0.509_1.31785e-11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.073539 0.86019 0.025868 0.040403 0.130514 0.046119 0.014199 0.809168 0.088611 0.064555 0.81864 0.028194 0.0321 0.891481 0.048923 0.027497 0.019683 0.811081 0.005929 0.163307 0.715236 0.157319 0.044979 0.082466 0.014953 0.010925 0.083729 0.890392 0.029179 0.017708 0.915202 0.037911 0.053961 0.678428 0.150443 0.117168 MOTIF Midbrain_E14.5_H3K9me3_51_79_0.517_8.895177e-08 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.102833 0.816231 0.05066 0.030276 0.203726 0.046796 0.023881 0.725598 0.107055 0.024545 0.798327 0.070074 0.031126 0.940674 0.020426 0.007773 0.0 0.969409 0.005699 0.024892 0.928736 0.030048 0.006221 0.034995 0.027526 0.003501 0.008969 0.960004 0.033326 0.025322 0.878671 0.062681 0.206498 0.516135 0.107121 0.170246 0.211319 0.102353 0.035291 0.651037 MOTIF Hindbrain_P0_H3K9me3_64_105_0.517_1.37464e-05 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.12067 0.791654 0.07964 0.008036 0.163026 0.072 0.058423 0.706552 0.081802 0.047229 0.713694 0.157276 0.022053 0.908689 0.026548 0.04271 0.000891 0.935189 0.018819 0.045102 0.865267 0.062127 0.003831 0.068775 0.038626 0.006084 0.012193 0.943098 0.026765 0.029086 0.882625 0.061525 0.082731 0.599754 0.104872 0.212643 0.408917 0.122611 0.07491 0.393561 MOTIF Midbrain_E16.5_H3K9me3_95_42_0.506_9.982686e-07 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.085786 0.875317 0.034953 0.003945 0.181533 0.036858 0.003455 0.778155 0.039396 0.057987 0.831967 0.07065 0.019658 0.927526 0.024898 0.027918 0.0 0.928909 0.003587 0.067504 0.89809 0.056559 0.018232 0.027119 0.021704 0.029094 0.053021 0.896181 0.03938 0.013667 0.901803 0.045149 0.146009 0.473262 0.082871 0.297857 0.514111 0.110275 0.04601 0.329603 MOTIF Cranio-Facial_E15.5_H3K9me3_66_51_0.512_0.0001793001 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.989037 0.002127 0.008836 0.0 0.054921 0.008627 0.801304 0.135148 0.123224 0.813351 0.017441 0.045984 0.743481 0.00458 0.234336 0.017603 0.106698 0.035329 0.046778 0.811195 0.017773 0.00731 0.974918 0.0 0.003539 0.003849 0.975546 0.017066 0.082848 0.834411 0.047533 0.035208 0.545598 0.041081 0.334596 0.078725 0.372104 0.327657 0.288199 0.01204 MOTIF Intestine_P0_H3K9me3_50_74_0.525_6.807393e-12 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.853701 0.060465 0.008731 0.077103 0.027497 0.047261 0.839136 0.086106 0.223459 0.718546 0.025772 0.032222 0.890003 0.053012 0.041613 0.015372 0.004409 0.044805 0.004312 0.946474 0.121726 0.003124 0.870294 0.004856 0.010848 0.003308 0.983537 0.002307 0.134142 0.807828 0.028825 0.029205 0.831441 0.081293 0.029389 0.057877 0.264989 0.203358 0.477737 0.053916 MOTIF Kidney_E15.5_H3K9me3_110_75_0.504_1.087292e-09 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.735265 0.029362 0.188692 0.046681 0.113261 0.014233 0.796692 0.075814 0.059955 0.903495 0.022117 0.014433 0.947598 0.013019 0.028517 0.010866 0.014614 0.093411 0.103985 0.787989 0.149614 0.009049 0.841337 0.0 0.0 0.004298 0.986483 0.009219 0.007476 0.814758 0.035701 0.142065 0.779512 0.012887 0.135896 0.071705 0.081539 0.022576 0.734233 0.161653 MOTIF Heart_E12.5_H3K9me3_109_31_0.516_3.781416e-161 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.842211 0.002742 0.151745 0.003303 0.06448 0.041215 0.811345 0.08296 0.060332 0.892283 0.045632 0.001753 0.909441 0.025196 0.043121 0.022243 0.020377 0.088156 0.105688 0.785779 0.149099 0.005815 0.814977 0.030109 0.000769 0.00719 0.990787 0.001254 0.024062 0.894774 0.04592 0.035244 0.813714 0.042146 0.056138 0.088002 0.113052 0.21809 0.527214 0.141644 MOTIF Limb_E12.5_H3K9me3_89_82_0.517_2.018087e-42 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.898298 0.00547 0.090323 0.00591 0.053152 0.049482 0.782429 0.114936 0.181532 0.771989 0.039007 0.007472 0.884953 0.026901 0.082175 0.00597 0.025085 0.084609 0.092783 0.797523 0.197876 0.002161 0.788084 0.01188 0.000459 0.001084 0.994143 0.004314 0.048568 0.882104 0.024147 0.045181 0.779053 0.073863 0.052945 0.094139 0.163868 0.26396 0.434025 0.138148 MOTIF Liver_E15.5_H3K9me3_33_91_0.513_6.138086e-05 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.849484 0.02533 0.083587 0.041598 0.036934 0.077192 0.796718 0.089156 0.098257 0.867935 0.007208 0.0266 0.771476 0.045123 0.147762 0.035639 0.031495 0.145311 0.049258 0.773935 0.166443 0.045179 0.78392 0.004459 0.016678 0.02308 0.942501 0.017741 0.068568 0.895696 0.026507 0.00923 0.776522 0.043153 0.114968 0.065357 0.157881 0.236203 0.462678 0.143238 MOTIF Hindbrain_E12.5_H3K9me3_57_84_0.522_4.731825e-26 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.800187 0.035337 0.153553 0.010922 0.096884 0.023982 0.789426 0.089709 0.182825 0.764549 0.046384 0.006242 0.957584 0.020477 0.011349 0.01059 0.049908 0.06657 0.083531 0.799991 0.253136 0.004627 0.736028 0.006209 0.003137 0.0 0.993934 0.002929 0.021615 0.856211 0.025396 0.096778 0.826845 0.072648 0.033609 0.066898 MOTIF Hindbrain_E13.5_H3K9me3_54_68_0.523_6.968494e-27 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.821783 0.02651 0.13529 0.016417 0.05103 0.036865 0.780053 0.132051 0.17635 0.781591 0.034646 0.007413 0.916732 0.028301 0.036446 0.018521 0.023521 0.060344 0.078943 0.837192 0.186402 0.002339 0.811258 0.0 0.010102 0.009363 0.973956 0.006578 0.050599 0.814128 0.039404 0.095869 0.816991 0.058977 0.068443 0.05559 0.256008 0.15587 0.548806 0.039316 MOTIF Forebrain_E12.5_H3K9me3_84_119_0.513_6.78509e-11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.855886 0.009684 0.131289 0.003141 0.004615 0.061048 0.844421 0.089917 0.205084 0.767756 0.021367 0.005794 0.934137 0.029871 0.027659 0.008333 0.02933 0.143282 0.070161 0.757227 0.278804 0.007189 0.705404 0.008603 0.000246 0.0 0.985655 0.014099 0.041237 0.874455 0.038927 0.04538 0.756145 0.079113 0.074216 0.090526 MOTIF Midbrain_E13.5_H3K9me3_56_76_0.524_2.148011e-15 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.866004 0.00334 0.117038 0.013618 0.061052 0.022507 0.804773 0.111668 0.161282 0.767205 0.06822 0.003293 0.887598 0.069757 0.031015 0.01163 0.024728 0.0876 0.080703 0.806968 0.235697 0.006498 0.74896 0.008845 0.018131 0.002555 0.964228 0.015085 0.097047 0.793923 0.048216 0.060813 0.736827 0.044796 0.100575 0.117803 MOTIF Heart_E16.5_H3K9me3_46_80_0.535_2.854271e-51 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.876352 0.045341 0.067535 0.010772 0.134142 0.042175 0.718661 0.105022 0.078134 0.86764 0.011323 0.042902 0.854694 0.031994 0.084252 0.029059 0.083169 0.039313 0.110152 0.767365 0.202326 0.010272 0.775273 0.012129 0.0 0.001157 0.985447 0.013396 0.078598 0.863915 0.019008 0.038479 0.843602 0.03795 0.034777 0.08367 0.211955 0.089395 0.435994 0.262657 MOTIF Hindbrain_E16.5_H3K9me3_39_72_0.527_4.144653e-26 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.820653 0.005175 0.140997 0.033176 0.107965 0.018084 0.814283 0.059668 0.045314 0.791253 0.023358 0.140074 0.927155 0.031352 0.033071 0.008422 0.021701 0.093428 0.104093 0.780779 0.222952 0.013701 0.751574 0.011773 0.006651 0.002569 0.960343 0.030437 0.042277 0.825845 0.033531 0.098348 0.881813 0.026707 0.045903 0.045576 0.207725 0.032235 0.43238 0.32766 MOTIF Heart_E15.5_H3K9me3_104_129_0.503_3.738266e-06 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.869303 0.004078 0.106323 0.020296 0.091931 0.046894 0.704375 0.156799 0.032929 0.899063 0.034757 0.03325 0.730769 0.176603 0.070275 0.022353 0.036636 0.028889 0.030289 0.904186 0.087 0.014524 0.896894 0.001582 0.012874 0.003577 0.97193 0.011618 0.096296 0.679866 0.036497 0.187341 0.803431 0.034117 0.026235 0.136217 0.118091 0.137715 0.331377 0.412817 MOTIF Heart_E13.5_H3K9me3_80_38_0.523_6.931666e-90 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.836631 0.048219 0.084307 0.030843 0.163524 0.019799 0.680946 0.13573 0.038337 0.860295 0.084508 0.016859 0.937843 0.026817 0.018532 0.016809 0.034243 0.098533 0.079481 0.787744 0.173081 0.004558 0.780167 0.042194 0.005779 0.00128 0.985879 0.007062 0.042041 0.82708 0.026261 0.104619 0.883908 0.045125 0.02437 0.046597 0.046058 0.184349 0.431781 0.337812 MOTIF Neural-Tube_E12.5_H3K9me3_72_66_0.517_6.939965e-26 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.865009 0.000898 0.117392 0.016702 0.052215 0.037035 0.829847 0.080903 0.172183 0.759593 0.055661 0.012563 0.872754 0.032377 0.085118 0.009751 0.021741 0.06853 0.084751 0.824978 0.180756 0.004952 0.814293 0.0 0.001718 0.001026 0.994352 0.002905 0.055816 0.753712 0.038169 0.152303 0.811519 0.068722 0.065311 0.054448 0.095336 0.287283 0.31054 0.306842 MOTIF Hindbrain_E14.5_H3K9me3_75_61_0.516_2.682892e-11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.716912 0.002726 0.15873 0.121632 0.093447 0.08324 0.76073 0.062583 0.070885 0.867286 0.022648 0.039181 0.913923 0.017533 0.00363 0.064913 0.040772 0.025559 0.037058 0.896611 0.171598 0.003041 0.820351 0.00501 0.0 0.004304 0.965981 0.029714 0.227612 0.63684 0.020027 0.11552 0.790775 0.023331 0.025116 0.160778 0.129488 0.296063 0.347391 0.227058 MOTIF Neural-Tube_E14.5_H3K9me3_51_105_0.514_0.0002151928 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.7525 0.013723 0.183388 0.050388 0.043997 0.036876 0.804847 0.114279 0.011566 0.970353 0.009924 0.008157 0.832646 0.082014 0.059566 0.025774 0.038124 0.052332 0.003398 0.906146 0.008317 0.011162 0.956362 0.024158 0.029016 0.013507 0.950877 0.0066 0.22102 0.658284 0.04176 0.078936 0.595012 0.183172 0.002106 0.21971 0.169715 0.372444 0.279496 0.178345