MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF Limb_E11.5_H3K27me3_33_27_0.513_5.18506e-08 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.112572 0.187897 0.34959 0.349941 0.031922 0.284493 0.208637 0.474947 0.058275 0.772335 0.074267 0.095123 0.005815 0.809457 0.039813 0.144915 0.056105 0.791885 0.034307 0.117702 0.058876 0.038674 0.072628 0.829822 0.003527 0.705261 0.221704 0.069507 0.050531 0.874373 0.015596 0.0595 0.08349 0.04619 0.046276 0.824043 0.013991 0.791213 0.105315 0.089481 0.019747 0.868739 0.024472 0.087042 0.110421 0.054224 0.810101 0.025254 MOTIF Heart_E16.5_H3K4me2_55_15_0.550_5.180537e-196 letter-probability matrix: alength= 4 w= 13 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.027935 0.800336 0.049616 0.122114 0.037107 0.803949 0.111507 0.047437 0.072503 0.043554 0.078627 0.805315 0.00332 0.84588 0.047322 0.103478 0.002965 0.822371 0.046291 0.128373 0.10207 0.05044 0.079493 0.767997 0.001473 0.87727 0.119195 0.002063 0.04645 0.6943 0.135498 0.123751 0.034379 0.086003 0.838385 0.041233 0.080889 0.044248 0.548503 0.32636 0.076088 0.368881 0.470983 0.084047 0.033812 0.196359 0.389558 0.380271 0.026354 0.744666 0.131259 0.097722 MOTIF Cranio-Facial_E15.5_H3K4me2_76_41_0.559_1.307504e-162 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.038801 0.723989 0.126833 0.110377 0.048342 0.707452 0.108522 0.135684 0.066655 0.036815 0.056047 0.840484 0.003182 0.833971 0.034516 0.128331 0.004228 0.826035 0.022081 0.147655 0.037489 0.071639 0.026915 0.863956 0.000718 0.869059 0.127557 0.002667 0.07407 0.747528 0.046688 0.131713 0.058914 0.12468 0.771643 0.044762 0.132797 0.052233 0.568861 0.246108 MOTIF Heart_P0_H3K4me2_67_38_0.548_8.033397e-170 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.037616 0.688025 0.107896 0.166463 0.032803 0.862013 0.067035 0.038149 0.156334 0.049477 0.042288 0.751901 0.001047 0.837491 0.038514 0.122947 0.006602 0.799832 0.040538 0.153029 0.152692 0.04472 0.073364 0.729225 0.000411 0.896984 0.100349 0.002256 0.095821 0.80421 0.047735 0.052234 0.050325 0.054829 0.826445 0.068401 0.039318 0.042947 0.622714 0.295022 MOTIF Hindbrain_E11.5_H3K4me2_62_39_0.581_7.967902e-158 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.037965 0.7623 0.055325 0.14441 0.028076 0.904521 0.035035 0.032369 0.112148 0.045179 0.056223 0.786451 0.003389 0.620463 0.218388 0.15776 0.001523 0.826183 0.017704 0.15459 0.094509 0.043813 0.103937 0.757741 9.7e-05 0.912619 0.085667 0.001617 0.075675 0.768141 0.045717 0.110468 0.030456 0.055622 0.863127 0.050795 0.132759 0.094987 0.561608 0.210646 MOTIF Liver_P0_H3K4me2_52_33_0.553_2.10876e-218 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.039771 0.676897 0.154462 0.128871 0.049016 0.803728 0.109518 0.037737 0.072249 0.121348 0.025169 0.781235 0.013181 0.636776 0.170197 0.179846 0.001741 0.944732 0.029723 0.023804 0.085909 0.07247 0.050333 0.791288 0.0 0.914416 0.079901 0.005683 0.121933 0.75187 0.052418 0.073779 0.033872 0.03449 0.911574 0.020064 MOTIF Stomach_P0_H3K4me2_62_47_0.545_3.908547e-124 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.0 0.710962 0.140821 0.148217 0.022936 0.889569 0.035519 0.051976 0.061378 0.077989 0.049004 0.811628 0.009759 0.753184 0.080662 0.156395 0.000881 0.839361 0.062853 0.096906 0.085724 0.045838 0.060509 0.807929 0.0 0.951965 0.048035 0.0 0.095799 0.615645 0.123261 0.165295 0.021614 0.135156 0.788332 0.054899 MOTIF Kidney_E14.5_H3K4me3_73_39_0.582_5.36194e-118 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.0222 0.822149 0.095343 0.060307 0.013475 0.766166 0.184151 0.036208 0.040043 0.65388 0.159575 0.146503 0.079646 0.05842 0.072039 0.789895 0.030147 0.806323 0.052415 0.111115 0.020385 0.849188 0.014561 0.115867 0.039873 0.041391 0.036907 0.881829 0.030493 0.820482 0.138801 0.010223 0.008203 0.937119 0.034077 0.020601 0.169359 0.376161 0.368688 0.085792 0.097967 0.043751 0.706022 0.152261 MOTIF Lung_E14.5_H3K4me3_76_67_0.573_4.894259e-201 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.049793 0.68175 0.052944 0.215513 0.046251 0.864323 0.031643 0.057784 0.103039 0.057496 0.003826 0.83564 0.0 0.796664 0.056428 0.146908 0.001667 0.80009 0.043725 0.154518 0.143223 0.03915 0.148336 0.669291 0.0 0.975275 0.024725 0.0 0.083491 0.686784 0.031646 0.19808 0.02899 0.089336 0.862922 0.018751 MOTIF Limb_E14.5_H3K4me3_46_39_0.632_0 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.076796 0.798197 0.077618 0.047389 0.039621 0.90186 0.023708 0.034812 0.130819 0.041861 0.094235 0.733086 0.040432 0.629773 0.237279 0.092516 0.0 0.814438 0.030541 0.155021 0.122467 0.060317 0.066553 0.750664 0.0 0.876321 0.121874 0.001805 0.012971 0.798633 0.166799 0.021597 0.015756 0.081385 0.879062 0.023797 MOTIF Forebrain_P0_H3K4me3_70_43_0.573_2.128541e-133 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.031717 0.736973 0.122026 0.109284 0.054826 0.850689 0.05296 0.041525 0.079162 0.042526 0.054281 0.824032 0.020781 0.838452 0.046617 0.09415 0.003479 0.82313 0.037659 0.135732 0.103813 0.049959 0.076004 0.770224 0.001278 0.864643 0.130026 0.004053 0.045724 0.682944 0.156042 0.115289 0.021763 0.131794 0.81151 0.034933 MOTIF Heart_E16.5_H3K4me3_66_32_0.554_3.870962e-108 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.040332 0.76155 0.081716 0.116402 0.034013 0.829671 0.033019 0.103296 0.051972 0.079713 0.073857 0.794458 0.01537 0.811445 0.049229 0.123956 0.000476 0.911447 0.008539 0.079538 0.087002 0.090309 0.055993 0.766696 0.000428 0.911369 0.087589 0.000614 0.081618 0.658843 0.17581 0.083728 0.020359 0.155523 0.798357 0.025761 0.192709 0.090627 0.261398 0.455266 MOTIF Midbrain_E14.5_H3K4me3_55_37_0.620_4.455496e-258 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.026097 0.761758 0.16647 0.045675 0.0382 0.813838 0.115196 0.032766 0.088817 0.112264 0.071019 0.727899 0.009969 0.71179 0.115281 0.16296 0.001252 0.841849 0.005936 0.150963 0.030616 0.070303 0.064155 0.834926 0.0 0.972925 0.027075 0.0 0.010454 0.683911 0.200361 0.105273 0.01641 0.119629 0.842692 0.021269 MOTIF Forebrain_E12.5_H3K4me3_78_36_0.537_2.001619e-28 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.004752 0.521243 0.1862 0.287804 0.033675 0.191537 0.233225 0.541564 0.021454 0.814688 0.059622 0.104236 0.009563 0.713844 0.141955 0.134638 0.04952 0.743507 0.08561 0.121363 0.097888 0.02373 0.084157 0.794225 0.012545 0.871118 0.04616 0.070177 0.013016 0.929844 0.013632 0.043508 0.046285 0.053146 0.143217 0.757352 0.007313 0.837492 0.097031 0.058164 0.019174 0.855276 0.040252 0.085298 MOTIF Forebrain_E15.5_H3K4me3_85_71_0.517_3.388012e-13 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.03199 0.382326 0.201959 0.383725 0.030188 0.282102 0.255237 0.432472 0.023574 0.907015 0.016684 0.052727 0.013315 0.721416 0.073967 0.191303 0.033692 0.718303 0.117283 0.130721 0.065158 0.035194 0.049001 0.850646 0.032801 0.788756 0.04761 0.130833 0.002487 0.9485 0.005981 0.043032 0.129631 0.065273 0.086807 0.718289 0.022409 0.786708 0.132602 0.05828 0.044623 0.841215 0.027129 0.087032 MOTIF Limb_E13.5_H3K4me3_55_22_0.616_5.728865e-310 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.043001 0.777868 0.072671 0.10646 0.007174 0.686809 0.171601 0.134415 0.045906 0.754866 0.064593 0.134635 0.099857 0.031549 0.098103 0.770491 0.01971 0.8465 0.059111 0.074679 0.003826 0.941914 0.007212 0.047049 0.04751 0.06092 0.060634 0.830936 0.024782 0.802399 0.095185 0.077634 0.011733 0.864996 0.050882 0.072389 0.0 0.019769 0.980231 0.0 0.0 0.064495 0.34687 0.588635 MOTIF Hindbrain_E14.5_H3K4me3_47_20_0.635_0 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.03871 0.765264 0.064403 0.131623 0.008234 0.683934 0.169059 0.138773 0.045633 0.777297 0.086007 0.091062 0.101275 0.039982 0.11554 0.743203 0.014373 0.868707 0.052828 0.064092 0.002512 0.945761 0.012381 0.039346 0.08013 0.047283 0.082748 0.789838 0.012043 0.871839 0.081778 0.03434 0.020673 0.887766 0.029361 0.062199 0.01967 0.050747 0.898697 0.030886 MOTIF Lung_E15.5_H3K4me3_51_21_0.625_1.287489e-310 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.0497 0.64347 0.12774 0.17909 0.013651 0.762894 0.187369 0.036086 0.052244 0.751361 0.088226 0.108169 0.084607 0.043157 0.086904 0.785331 0.0355 0.838975 0.0589 0.066625 0.004819 0.923192 0.020425 0.051563 0.046949 0.048718 0.040697 0.863637 0.004515 0.833743 0.09167 0.070072 0.01426 0.877451 0.037622 0.070666 0.0 0.028626 0.971374 0.0 MOTIF Hindbrain_E11.5_H3K4me3_85_47_0.556_1.701583e-85 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.044186 0.826721 0.055415 0.073677 0.010542 0.691125 0.16904 0.129293 0.042578 0.755953 0.101298 0.100172 0.083538 0.048535 0.034859 0.833068 0.020448 0.812773 0.072837 0.093943 0.017474 0.90273 0.009941 0.069855 0.04938 0.044108 0.127197 0.779315 0.013423 0.821731 0.113782 0.051065 0.014782 0.868234 0.028165 0.088819 0.129914 0.044136 0.525808 0.300141 MOTIF Lung_E14.5_H3K4me3_91_73_0.520_2.514548e-23 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.038035 0.688098 0.152017 0.121851 0.014382 0.735219 0.115584 0.134815 0.042247 0.776721 0.109243 0.071788 0.099315 0.029063 0.048967 0.822655 0.017605 0.84215 0.049252 0.090993 0.032528 0.880987 0.021728 0.064757 0.050534 0.037286 0.059768 0.852412 0.002861 0.854863 0.070214 0.072062 0.026109 0.822334 0.046133 0.105423 MOTIF Cranio-Facial_E15.5_H3K4me3_85_92_0.517_1.920882e-43 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.025663 0.695829 0.060797 0.21771 0.007446 0.818708 0.03472 0.139126 0.046662 0.704966 0.095574 0.152798 0.083984 0.050016 0.08624 0.77976 0.022117 0.850623 0.037222 0.090039 0.004363 0.906783 0.012202 0.076651 0.043692 0.055461 0.043214 0.857634 0.035815 0.799661 0.112866 0.051659 0.010191 0.863455 0.035846 0.090507 MOTIF Kidney_E16.5_H3K4me3_87_75_0.526_3.768969e-66 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.02199 0.739375 0.078289 0.160345 0.009737 0.805366 0.054263 0.130633 0.050556 0.73359 0.098718 0.117136 0.090358 0.045731 0.085952 0.777959 0.019172 0.85019 0.046013 0.084624 0.00384 0.902962 0.013433 0.079765 0.090322 0.067695 0.057531 0.784452 0.034048 0.781318 0.112487 0.072148 0.026621 0.844988 0.026082 0.102309 MOTIF Neural-Tube_E11.5_H3K4me3_93_72_0.507_5.370352e-20 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.021297 0.670123 0.131318 0.177262 0.006933 0.822183 0.055006 0.115879 0.042923 0.691143 0.111121 0.154813 0.093907 0.062682 0.087 0.756411 0.021603 0.860853 0.039222 0.078322 0.005343 0.909461 0.016475 0.068721 0.039889 0.058013 0.042645 0.859454 0.015094 0.817779 0.107526 0.059601 0.006563 0.845636 0.04959 0.098211 MOTIF Stomach_P0_H3K4me3_96_75_0.515_1.295276e-33 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.019564 0.70418 0.159024 0.117232 0.014153 0.778927 0.071954 0.134967 0.045435 0.723432 0.095857 0.135275 0.091484 0.050593 0.080145 0.777778 0.016668 0.861981 0.036162 0.085188 0.003008 0.91314 0.013511 0.070342 0.09781 0.053038 0.049111 0.80004 0.035622 0.809349 0.10855 0.046478 0.025539 0.850799 0.038309 0.085352 MOTIF Liver_E16.5_H3K9ac_71_54_0.511_7.133295e-21 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.016017 0.799941 0.092201 0.091842 0.010859 0.548048 0.255856 0.185237 0.038872 0.882177 0.042716 0.036234 0.118652 0.033484 0.038192 0.809673 0.017428 0.816007 0.064392 0.102173 0.03872 0.834724 0.048617 0.077939 0.043625 0.022436 0.063689 0.870251 0.003147 0.770173 0.192224 0.034456 0.008029 0.932596 0.028427 0.030949 0.356475 0.0 0.507747 0.135779 MOTIF Hindbrain_P0_H3K9ac_87_56_0.508_3.678393e-10 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.166909 0.105979 0.364993 0.362119 0.037269 0.348035 0.262693 0.352003 0.042461 0.782006 0.069551 0.105982 0.00544 0.702766 0.151832 0.139962 0.039051 0.779414 0.034576 0.146958 0.094894 0.062772 0.060369 0.781965 0.020818 0.830998 0.046797 0.101388 0.023152 0.889482 0.014087 0.073279 0.038455 0.065899 0.049493 0.846152 0.017844 0.870865 0.039494 0.071796 0.026771 0.811253 0.031734 0.130242 MOTIF Neural-Tube_E11.5_H3K9ac_58_21_0.570_5.022823e-118 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.038171 0.677971 0.115619 0.168238 0.011032 0.701547 0.172344 0.115077 0.049281 0.761659 0.079328 0.109732 0.096356 0.064126 0.074389 0.76513 0.019101 0.850941 0.059711 0.070248 0.006928 0.927392 0.015206 0.050475 0.045709 0.03959 0.068598 0.846103 0.006548 0.843761 0.085699 0.063992 0.013791 0.870796 0.040801 0.074612 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.096707 0.096042 0.807251 MOTIF Forebrain_E15.5_H3K9ac_80_53_0.513_1.676821e-18 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.055265 0.131934 0.360475 0.452325 0.037902 0.797247 0.076137 0.088714 0.007459 0.807095 0.042552 0.142894 0.057067 0.69244 0.104313 0.146179 0.119182 0.039356 0.094984 0.746479 0.014351 0.847567 0.046311 0.091771 0.022961 0.915361 0.008344 0.053334 0.0983 0.034285 0.075858 0.791557 0.020976 0.837502 0.089596 0.051925 0.036491 0.881824 0.02142 0.060265 MOTIF Neural-Tube_E12.5_H3K9ac_62_28_0.566_8.262514e-134 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.045992 0.734344 0.063232 0.156432 0.009169 0.7489 0.11738 0.12455 0.061393 0.74287 0.082475 0.113262 0.096899 0.031258 0.083637 0.788205 0.035532 0.83506 0.046887 0.082521 0.007619 0.932896 0.012029 0.047456 0.080369 0.061345 0.051196 0.80709 0.014513 0.823135 0.087084 0.075267 0.031937 0.885129 0.040376 0.042558 0.0 0.107404 0.892596 0.0 MOTIF Midbrain_E11.5_H3K9ac_85_62_0.521_4.822131e-48 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.014647 0.801152 0.083152 0.101049 0.010794 0.820976 0.121305 0.046925 0.061185 0.713645 0.097732 0.127438 0.08082 0.039413 0.101186 0.778581 0.021722 0.853194 0.045538 0.079546 0.026421 0.892168 0.010157 0.071254 0.079205 0.059243 0.074713 0.786839 0.016909 0.755125 0.137417 0.09055 0.032881 0.857932 0.031991 0.077195 MOTIF Neural-Tube_E13.5_H3K9ac_102_56_0.501_2.147153e-06 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 1.0e-1 0.034804 0.719238 0.097437 0.148521 0.006285 0.784174 0.082038 0.127503 0.059713 0.72366 0.069604 0.147023 0.098144 0.066403 0.062357 0.773096 0.009951 0.851839 0.055963 0.082247 0.026969 0.894776 0.012619 0.065636 0.040927 0.067392 0.050479 0.841202 0.024295 0.792992 0.135846 0.046867 0.040908 0.857309 0.030882 0.070901